染色液種類繁多，各種染色液染色原理不同，靈敏度各異。使用時(shí)可根據(jù)需要加以選擇。常用的染色液有：
1．考馬斯亮藍(lán)R250(coomassie brilliant blue R250，簡稱CBBR250或PAGE blue83)
考馬斯亮藍(lán)R250的分子式為C14H44O7H3S2Na，MW=824，λmax=560-590nm。染色靈敏度比氨基黑高5倍。該染料是通過范德瓦爾鍵與蛋白質(zhì)結(jié)合，尤其適用于SDS電泳微量蛋白質(zhì)染色，但蛋白質(zhì)濃度超過一定范圍時(shí)，對高濃度蛋白質(zhì)染色不合乎Beer定律，作定量分析時(shí)要注意這點(diǎn)。
2．考馬斯亮藍(lán)G250(簡稱CBBＧ250或PAGE blue G90，又名xylene brilliant cyanin G)
考馬斯亮藍(lán)G250比CBB R250多二個(gè)甲基。MW=854，λmax=590-610nm。染色靈敏度不如R250，但比氨基黑高3倍。其優(yōu)點(diǎn)是在三氯一酸中不溶而成膠體，能選擇地使蛋白質(zhì)染色而幾乎無本底色，所以常用于重復(fù)性好和穩(wěn)定的染色，適于作定量分析。
3．銀染色法
此法是Switzer.R.C和Merril.CR首先提出的，它較CBB R250靈敏100倍。但染色機(jī)制
尚不清楚，可能與攝影過程Ag+的還原相似。其靈敏度很高，牛血清為4×10-5μg/mm2，即清蛋白為8×10-5μg/mm2，cyt C為1.7×10-4μg/mm2，因此也常用于凝膠電泳蛋白質(zhì)染色。
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